Ľudské kosti uložené v kostnici v susedstve Baziliky sv. Mikuláša v centre Trnavy pochádzajú z rokov 1150 až 1280. Vyplýva to z analýzy kostí uhlíkovou metódou, ktorú vykonalo špecializované laboratórium Sliezskej technickej univerzity v poľskom meste Gliwice. Rovnakou metódou bol v minulosti stanovený napríklad aj vek známeho Turínskeho plátna. Kostnica v centre mesta je najstaršou murovanou stavbou v Trnave, archeológovia ju objavili v roku 2008. Odborníci vedeli, že zanikla približne v roku 1360, o čase jej vzniku však informácie chýbali. Erik Hrnčiarik z Katedry klasickej archeológie Trnavskej univerzity na základe výsledkov analýzy kostí tvrdí, že kostnica vznikla v období okolo roku 1240. ,,Bolo to obdobie Tatárskeho vpádu, o ktorom sa doteraz predpokladalo, že Trnavu nezasiahol. Zdá sa však, že ľudia aj tu boli Tatárskym vpádom postihnutí a k bojom v okolí určite došlo,“ povedal Hrnčiarik o poznatku, ktorý mení pohľad na históriu Trnavy. Spodné vrstvy kostí pochádzajú z obdobia vzniku kostnice, vrchné sú výrazne staršie. ,,Je na to logické vysvetlenie. Pri kopaní základov susedného kostola narazili na hroby z prvej fázy bývalého cintorína z obdobia rokov 1100 – 1150 a všetky nájdené kosti ukladali do kostnice,“ vysvetľuje Hrnčiarik. Aj keď v blízkosti najstaršej murovanej stavby v meste sa našli hroby z obdobia Veľkej Moravy, najnovšia analýza vylučuje spájanie jej vzniku s týmto obdobím.

Mesto Trnava má podľa Milana Horáka z mestského úradu pripravenú ideu prezentácie celého priestoru s kostnicou, Kostolom sv. Michala aj s neskoršími prístavbami a Bazilikou sv. Mikuláša. V prípade kostnice sú však dva rôzne pohľady na jej budúcnosť. ,,Jeden je maximálna prezentácia a chválenie sa históriou. Druhý je o chránení si pamiatky, jej minimálnej prezentácii a zachovaní pre budúcnosť,“ vysvetľuje Horák, podľa ktorého bude zrejme potrebné nájsť rozumnú strednú cestu. Kostnica aj s kosťami bola celé stáročia zakonzervovaná blatom a hlinou, odkrytie spôsobuje vysušovanie a deštrukciu. Pôvodne plánovaná prezentácie presklením archeologického nálezu je po odmietnutí odbornou verejnosťou neaktuálna.

Karner – kostnicu objavili pri komplexnom výskume okolia Baziliky sv. Mikuláša v Trnave v roku 2008. V kostnici kruhového pôdorysu s vnútorným priemerom 6,5 metra a podporným stredovým pilierom bola súvislá vrstva kostí siahajúca do výšky niekoľkých metrov. Väčšinu z nich premiestnili na cintorín, časť zostala vystavená na mieste. Počet ľudí, ktorých pozostatky skončili na tomto mieste, si nikto netrúfa určiť, podľa Hrnčiarika však možno hovoriť o tisíckach. Nad kostnicou bola v minulosti kaplnka, z ktorej sa zachovali len malé časti muriva.
Mesto Trnava si dalo urobiť analýzu veku kostí z kostnice uhlíkovou metódou, rovnakou metódou bol určený aj vek známeho Turínskeho plátna.

.