Jednoloďový kostol stojaci na cintoríne má polygonálne presbytérium a dvomi sakristiami, nemá vežu, len predstavanú predsieň s valenou klenbou s lunetami. Klenba s hrebienkami je rovnaká ako klenba lode, posadená na vytiahnutých pilieroch nesúcich aj bočné empory, ktoré spája západná empora s nefunkčným organom. Presbytérium má barokové pruské klenby s maľbami zo života sv. Jána Krstiteľa (signované I. G. Walter 1765). Severná, pôvodná sakristia má valenú klenbu, južná je baroková s pruskými klenbami a zachovanými pôvodnými okennými výplňami so šesťtabuľkovým zasklením a kovovými okenicami. Hlavný západný vstup má portál s rovným prekladom a datovaním 1747. Na južnej fasáde sú okná a vstup s gotickými kamennými profilovanými osteniami. krov je zo 40. rokov 20. storočia. 

Z mobiliáru sú v kostole zachované tri barokové oltáre, kazateľnica z roku 1714, torzo barokového organa (skrine), tabuľové maľby bočných parapetov empor z 1673.

Podľa kanonických vizitácií sa v kostole nachádza až 5 krýpt, dnes neprístupných. 

Pamiatkové výskumy realizované v lete 2011 priniesli nové a prekvapivé poznatky, ktoré výrazne posunuli jeho datovanie. Pôvodne farský kostol je najstaršou zachovanou stavebnou pamiatkou Modry a vznikol podľa všetkého už v druhej polovici 13. storočia, čo dokazujú aj nástenné maľby nájdené architektonicko-historickým a umelecko-historickým výskumom a následne skúmané reštaurátorským výskumom. Predstavujú najrozsiahlejší maliarsky program, doteraz odkrytý na území západného Slovenska a zaradzujú sa medzi nástenné maľby nielen regionálneho, ale i celoslovenského významu.